Podobnie jak inne programy, Safari pozwala na zmianę preferencji, czyli ustawień określających sposób pracy. W preferencjach można zmienić stronę domową, wskazać katalog do którego trafiać będą pobierane pliki itd.
Wybierz z menu Safari > Preferencje.
Każdy panel posiada przycisk pomocy (ze znakiem zapytania), w który można kliknąć, aby uzyskać dodatkowe informacje.